Дом был построен в начале 90-х гг. XIX в. сургутским мещанином Галактионом Степановичем Клепиковым. Располагается дом на своём исконном – историческом месте. Галактион Степанович Клепиков - представитель древнего сургутского казачьего рода. До 1881 г. Галактион Степанович состоял на казачьей службе. В 1881 г. Сургутская казачья команда была упразднена, сургутские казаки были приписаны к сословию мещан.
Галактион Степанович Клепиков был не просто торгующим мещанином, но и активным общественным деятелем, за что пользовался немалым уважением среди горожан. В 1895 г. Клепиков был избран старостой городского общественного управления, являлся попечителем Сургутского приходского училища и ежегодно жертвовал денежные средства на его содержание и в пользу нуждающихся учащихся. В 1910 г. за усердную и полезную деятельность в этой сфере он был награждён золотой медалью «За усердие».
Последним частным владельцем этого дома, являлся младший сын Галактиона Степановича Клепикова – Алексей.
С приходом советской власти в здании стали располагаться различные государственные учреждения. Летом 1923 г. в течение нескольких месяцев здесь находился «Деточаг» – детский дом из Тобольска. Затем,
с осени того же года до 1958 г., в доме размещалась школа, получившая среди населения название «Красная», т.к. фасад здания был выкрашен в красно-коричневый цвет (тогда это была единственная средняя школа в Сургуте).
С 1958 г. в доме располагался Сургутский районный отдел народного образования. Какое-то время здесь находился и ЗАГС. Известно также, что в этом доме размещались не только государственные учреждения, но и жилые комнаты советских граждан. Внутренняя планировка дома постоянно менялась. Со временем было проведено электричество, а с появлением централизованного отопления – разобраны печи.
В 1963 г. в одной из комнат этого здания разместился краеведческий музей, созданный на общественных началах. Его основателем стал известный сургутский краевед Флегонт Яковлевич Показаньев
11 июня 2005 года после капитального ремонта состоялось открытие Купеческой усадьбы. Сегодня Купеческая усадьба живёт полноценной и насыщенной жизнью. Череда ярких мероприятий и праздников сделала дом купца Клепикова любимым местом досуга сургутян всех возрастов.