Мечеть Махалля строилась в Нефтеюганске с середины 90-х годов. В разное время спонсорскую помощь общине выделяли и нефтяники, и предприниматели, и частные лица.
В октябре 1996 года, В 8 «б» микрорайоне торжественно в День города, был заложен камень основания мечети. Трёхэтажное здание Соборной мечети состоит из двух основных объемов: повышенного с купольным завершением, где размещаются молельный зал и балкон, а также примыкающего к нему объема, где располагаются остальные помещения.
Главный вход в мечеть обозначен двумя высотными минаретами с золочеными куполами.
Соборная мечеть построена с учетом канонов и традиций, сложившихся в культовых сооружениях ислама, и рассчитана на 200 молящихся – 135 мужчин и 65 женщин.